《拳皇98ae》版本中有大蛇（問號右邊按住開始鍵選擇，陽光出招為236236A），爆風(fēng)，96BOSS隊的基斯、克勞撒、比克，如月影二等人物。新增加了暴走的麗安娜，暴走的八神，以及96的boss高尼茲!再加上可選人物，招式(其中包含99.2000.2001.2002的必殺和隱藏)以及血槽的大量增加，使游戲的可玩度大大提高！改版作者：EGCG

每個角色每局都可以單獨從新選擇模式：

ADV模式：

1、A，B，C，D攻擊中敵人時，可以按AB費氣向前閃。

2、按BC爆氣，消耗一個POW。POW槽不自減，自身攻擊中敵人（不包括防御）時能取消出其它招式，超殺，取消時消耗一定的POW槽；并且，第一次取消時，扣接下去的連技的攻擊力的1/3，第二次取消時，在扣1/3的基礎(chǔ)上再扣接下去的連技的攻擊力的1/2。第三次。同樣是1/2。

3、前AB，后AB為前后滾。

EX模式：

1、按BC爆氣，擁有KOF2K的BCD功能。消耗一個POW。發(fā)超殺時會自動解除爆氣狀態(tài)。

2、AB為原地閃避。

3、某些招式按BC消耗一個POW，會有彈墻功能（標(biāo)注；DC）的招式。

SP模式：

1、按BC爆氣，消耗一個POW；爆氣狀態(tài)時攻擊力增加，發(fā)動超殺時，爆氣狀態(tài)不會取消；爆氣狀態(tài)不能發(fā)MAX，MAX2；

2、有SC功能。