游戲中首先出場的是男主角伊森·馬爾斯，他與妻子和兩個兒子生活在一起。一次去商場購物時，大兒子杰森與自己失散了。當(dāng)伊森再次發(fā)現(xiàn)杰森已是在大街之上，一輛車迎面駛來，伊森撲上去保護(hù)兒子。杰森被撞死，伊森受了重傷，昏迷了六個月。兩年后，伊森陷入深深的憂傷、恐懼人群，并常常突然發(fā)昏幾小時。他與妻子分居了，與次子肖恩也漸漸疏遠(yuǎn)。一次在公園，伊森再度眩暈，清醒時肖恩已經(jīng)不見了。

　　肖恩失蹤后，人們想起了已犯下數(shù)宗案件的折紙殺人魔。他的犯罪方式通常是在一個多雨的秋天綁架一名男童，數(shù)天后男童的尸體便會在一處偏遠(yuǎn)位置被發(fā)現(xiàn)，死因是溺死，手上拿著一只折紙動物，胸前放一朵蘭花。FBI探員諾曼·杰登受命來幫助調(diào)查這一系列案件，他斷定受害者是被鎖在一個密閉的所在，當(dāng)積水超過6英尺時便會溺斃。他們認(rèn)識到找到肖恩只有3天時間。

　　伊森為躲避媒體而住到了汽車旅館。他按照一封神秘信件的提示找到一個寄存柜，找到了一個裝有手機(jī)、手槍和5個折紙動物的鞋盒。手機(jī)傳來聲音說5個折紙代表5個考驗，他必須達(dá)成以得到一系列地址作為獎勵，從而拯救肖恩。一個考驗比一個艱難，最初是在高速公路逆行、后來又是闖過廢舊電廠里正在放電的電器、截斷一截手指、殺掉一個人，最后則是喝掉一瓶毒藥。在他嘗試這些考驗時遇到了麥迪遜·貝基，她幫他在身體上、情感上都渡過難關(guān)。貝基自己開始調(diào)查是誰安排了這些考驗。

　　杰登與副隊長卡特·布雷克調(diào)查了兩個嫌犯，卻毫無所獲。伊森的前妻造訪警局告知了伊森的失常，導(dǎo)致杰登與布雷克到伊森的心理醫(yī)生那兒問話。布雷克相信伊森就是兇手，杰登卻認(rèn)為證據(jù)不足。

　　私家偵探史考特·謝爾比造訪了多個受害人家屬調(diào)查情況，獲得了多個折紙殺手留下的物品。其中一位受害者的母親羅倫·溫特堅持要跟隨他，以查處真兇。他們曾遭遇一位想要扮演折紙殺手的紈绔子弟，并與其父克拉瑪爆發(fā)了若干沖突。