《超級機器人大戰(zhàn)J》是GBA上的最后一款機戰(zhàn)，畫面上有了很大的進步。劇情故事也非常有新異，整體上說更適合新上手的玩家。

宇宙時代

人類的生活圈超越了地球周邊宙域并拓展到火星一帶�？墒前�括地球環(huán)境惡化等，好幾個人類從以前就存在的問題至今也沒有被解決：根據遺傳基因調整被生出的新人類“新人類（CO）”的出現；屢次發(fā)生的地殼變動的原因，是在深海處被發(fā)現并命名為“オルファン”的異星文明遺跡；還有對火星的殖民。

人們對新的時代還是充滿了期待，不過，太急劇的變化產生出對這一切的適應者和拒絕反抗的人。因為那個能力而被趕走到宇宙的新人類們建設了殖民衛(wèi)星“プラント”。但是在新人類自身的統(tǒng)治下，害怕被分離的自然人反對プラント的獨立，嚴重加深了與新人類之間的對立。還有就是“オルファン”不知不覺稱中被自稱為“リクレマー”的人們進入，這個信息對大眾加以了掩蓋。

宇宙紀元69年

突然從木星方向飛來了謎般的無人兵器對火星展開了侵略。在火星圈的大規(guī)模會戰(zhàn)中失敗的聯(lián)合軍在許多人還留在火星的情況下，決定將軍隊撤離。而這些被稱呼為“木星蜥蜴”的神秘侵略者向地球圈送去了無敵“郁金香”（推測可能是敵人的母艦），之后從那里面不斷出現敵人的兵器，地球圈進入了和敵人持久作戰(zhàn)的狀態(tài)。

地球上的戰(zhàn)斗也是屢次發(fā)生，趁著混亂時期為達到自己的目而開始活動的人也相繼出現。在這中，提出獨立自衛(wèi)策略的プラント的行動被視作是對宗主國的叛亂，以大西洋聯(lián)邦作為核心的地球聯(lián)合各國以實力對新人類予以制裁的要求聲高漲了。

宇宙紀元70年

現在，在與不明對方原形的木星蜥蜴的戰(zhàn)亂以及プラント和地球聯(lián)合高漲的緊張對立中，ネルガル重工獨自建造的新型戰(zhàn)列艦“ナデシコ”的完成，故事從這里開始了…